Det har gått 14 månader sedan New York förvandlades till en sjukdomshärjad krigszon och den ansvarige – Alex Mercer – har blivit en vålnad vars skugga vilar över staden. Du är Sgt. James Heller – en krigsveteran vars liv slogs i spillror när Mercer släppte lös Blacklight-viruset. Hans fru och dotter dog i sviterna och nu tjänstgör Heller i militären med att förhindra att viruset sprids utanför NYZ. Genom att gång på gång frivilligt delta i de farligaste uppdragen, vissa som mer liknar självmordsuppdrag, i stadens röda zon hoppas Heller på att dö och att ta så många infekterade som möjligt med sig i fallet. Under Hellers sista uppdrag blir hela styrkan tillintetgjord av en hop infekterade. Endast Heller överlever och han blir ställd öga mot öga med den skugglika, huvförsedda figuren som övervakar bakhållet från ett tak i närheten. Det är Alex Mercer – mannen som är ansvarig för att ha förintat hans familj, hans stad ? hans liv.

Besatt av raseri går Heller till anfall, men han är lätt att ta för Mercer. Mercer är dock imponerad av att Heller så osannolikt överlevt de infekterades våldsamma angrepp och ser honom som en potentiellt värdefull tillgång i sin stora plan. Därför ser Mercer till att Heller blir infekterad av viruset och gör honom till sin prototyp.

• HELLER VS. MERCER! – Alex Mercer begick ett gravt misstag när han beslöt sig för att infektera Sgt. James Heller med Blacklight-viruset – han räknade aldrig med att Heller skulle störa hans planer. PROTOTYPE 2 har en helt ny story som rör sig kring spelets nye hjältekaraktär Sgt. James Heller. Som spelare får du uppleva hur Heller utvecklas med sin nya förmåga att byta skepnad och gå i närkamp med Mercer och gräva djupare i spelets handling – en hemlighet som skakar om Heller totalt kommer att avslöjas.

• UTVECKLADE FÖRVANDLINGSMÖJLIGHETER- Experimentera med Hellers nyfunna krafter och förmågor när du jagar fram genom NYZ. Strid mot och göm dig från elitmilitärer och fordon både på marken och i luften samtidigt som du söker upp och tillintetgör viktiga måltavlor för att ta reda på information och gräva allt djupare i spelets bakomliggande story. Växla hur du vill mellan olika förödande vapen, till exempel chockframkallande rankor, sylvassa klor eller klingor på armen och knytnävar som förvandlas till hammare (bara för att nämna några). Orsaka förödelse bland dina offer och horderna av infekterade styggelser som flackar omkring på stadens gator i en uppsjö av blod, inälvor och lemlästning. 
• VÄLKOMMEN TILL NYZ! – Det New York som vi har lärt känna och älska under åren existerar inte längre ? nu kallas det bara NYZ. Som Radicals nya vision av ett virushärjat New York med öppna spelmiljöer har NYZ omdesignats från grunden för att framhäva det unika actionfyllda spelsättet i PROTOTYPE 2. Stort utrymme har även lagts på spelets kärnberättelse och dess sidohandlingar i form av uppdrag. Som Heller ska du ta dig igenom de tre olika zonerna i NYZ: från den välövervakade militariserade gröna zonen, till flyktingläger liknande slumkvarter i den industriella gula zonen och ända till den röda zonen – där viruset helt har tagit över stadens ödelagda skyskrapor och infekterat invånarna. Döden väntar i varje gathörn. 
• SKAPA DIN EGEN PROTOTYP – I PROTOTYPE 2 kan du låsa upp nya virusmöjligheter, göra uppgraderingar och skapa unika kraftuppsättning både i spelets kärnberättelse och i sidouppdragen. Genom att utforska vad den omfattande öppna spelmiljön i NYZ har att erbjuda kan du om du är smart råka på läger där de infekterade håller till runtom i staden. Du belönas med genetiska uppgraderingar om du överlever de hemskheter som döljer sig där. Med tillgång till Blackwatchs krypterade datanätverk, Blacknet, offentliggörs information om viktiga måltavlor sammankopplade med topphemliga militärprojekt i olika delar av staden. Tack vare Hellers unika jaktfärdigheter kan du spåra upp och tillintetgöra dessa måltavlor och få tillgång till dussintals mutationer som du kan kombinera som du vill. Med så många potentiella sammansättningar kan du anpassa Hellers kraftuppsättning som du vill och göra honom till din egen prototyp! 
• EN VÄLRENOMMERAD UTVECKLARE – Den studio som ligger bakom PROTOTYPE 2 är Radical Entertainment. De har nästan 20 års erfarenhet av att skapa fantastiska tv-spel och kan stoltsera med över 30 miljoner sålda spel. Utvecklarens portfölj innehåller en omfattande förteckning över framgångsrika titlar, till exempel det ursprungliga, kritikerrosade, bästsäljande PROTOTYPE från 2009 med öppen spelmiljö, det mycket framgångsrika The Incredible Hulk: Ultimate Destruction, Simpsons Hit & Run som sålt i två miljoner exemplar och Scarface: The World is Yours. PROTOTYPE 2 har byggts från grunden med Radical Entertainments egna spelmotor Titanium 2 som skapar häpnadsväckande visuella effekter och en löjligt actionfylld högkvalitativ öppen spelmiljö.